1. vědecké monografie – katalogy
ZLATOHLÁVEK, Martin a BORA, Giulio. Kresby z Cremony 1500 – 1580. Umění renesance a manýrismu v lombardském městě. Katalog k výstavě Národní galerie v Praze, Praha: Národní galerie, 1995, i anglická verze.
ZLATOHLÁVEK, Martin a RÄTSCH, Christian a MÜLLER/EBELING, Claudia. Das Jüngste Gericht, Fresken, Bilder und Gemälde. Düsseldorf, Zürich, 2001, – také ve francouzské a polské verzi.
2. kapitoly v monografiích
ZLATOHLÁVEK, Martin. Abbildungen des Jüngsten Gerichtes als Vision des gelobten Landes. In Landgabe. Festschrift für Jan Heller, Praha: Oikumene, 1995, s. 220–237.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Nevěsta v uzavřené zahradě. Motivy ikonografie biblické knihy Píseň písní. In Martin Zlatohlávek /ed./. Nevěsta v uzavřené zahradě. Katalog výstavy Národní galerie v Praze, Praha: Národní galerie v Praze, 1995, s. 33-73.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Battista Franco´s Drawings in Czech Collections. In Vít Vlnas /ed./, Ars Baculum Vitae. Sborník studií z dějin umění a kultury k 70. narozeninám prof. PhDr. Pavla Preisse, DrSc., Praha: Národní galerie v Praze, 1996, s. 63–68.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Sbírka kreseb v Grafické sbírce Národní galerie v Praze a publikace o italských kresbách z českých a moravskoslezských sbírek /s. 7-8/; kat. č. I /s. 23-24/, kat. č. II /s. 29-30/, kat. č. IV /s. 54/, kat. č. IV /s. 71-72/, kat. č. VII /s. 74-76/, kat. č. VIII /s. 79-80/, kat. č. IX /s. 82-83/, kat. č. X /s. 84-85/, kat. č. XV /s. 164/, kat. č. XVI /s. 187-190/, kat. č. XVII /s. 193-194/, kat. č. XIX /s. 200/, kat. č. XXI /s. 212/, kat. č. XXII /s. 214/, kat. č. XXIII /s. 216/, kat. č. XXIV /s. 218-219/, kat. č. XXV /s. 222/, kat. č. XXVI /s. 224-225/, kat. č. XXVII /s. 228/, kat. č. XXVIII-XL /s. 230-231/, kat. č. XLI /s. 234/, kat. č. XLII /s. 236/, kat. č. XLIII /s. 239-240/, kat. č. XLV /s. 244/, kat. č. XLVII /s. 270/, kat. č. XLVIII /s. 272-273/, kat. č. XLIX /s. 275- 276/, kat. č. LI /s. 282/, kat. č. LIII /s. 286/, kat. č. LIV /s. 288-289/, kat. č. LV /s. 293-294/, kat. č. LVI-LIX /s. 297-304/, kat. č. LX /s. 315-316/, kat. č. LXI-LXVI /s. 327-338/. In Martin Zlatohlávek /ed./, Italské renesanční umění z českých sbírek – kresby a grafika, katalog výstavy Národní galerie v Praze, Praha: Národní galerie v Praze, 1996.
ZLATOHLÁVEK, Martin. La collezione Clary-Aldringen ricomposta: i disegni, p. 3-8, Boccaccio Boccaccino cat. no. 6-12, p. 155-161; Giovanni Antonio de Sacchis detto il Pordenone cat. no. 15-19, p. 166-175; Camillo Boccaccino cat. no. 21-23, p. 179-181; Giulio Campi, Disegni per gli affreschi nell’abside della chiesa di Sant’Agata a Cremona, cat. no. 30-44, p. 190-203; Giulio Campi, Disegni per la pala dell’altare maggiore della chiesa di San Sigismondo a Cremona, cat. no. 45-49, p. 204-210; Giulio Campi e Camillo Boccaccino, Disegni per gli affreschi nel transeto della chiesa di San Sigismondo a Cremona, cat. no. 54-58, p. 220-225; Giulio Campi, Progetti per pale d’altare, cat. no. 72, p. 243; Giulio Campi, Disegni per gli affreschi della chiesa di Santa Margherita a Cremona, cat. no. 73-86, p. 245-260; Studi per gli affreschi della navata e della cupola di San Sigismondo, cat. no. 94-96, p. 270-274; Giulio Campi, cat. no 98-99, p. 278-279; Giulio Campi, cat. no. 122, p. 310; Vincenzo Campi, cat. no. 123-124, p. 311; Antonio Maria Viani, Disegni per l’affresco con il Martirio di Santo Stefano nella cappella Petrozzani di Sant’Andrea in Mantova, cat. no. 199-203, p. 392-397; Antonio Maria Viani, Disegni per l’affresco con il Giudizio universale nella cupola e per le Sibille nei pennacchi della chiesa di San Pietro al Po a Cremona, cat. no. 204-259, p. 398-453, In Giulio Bora e Martin Zlatohlávek. I segni dell´arte. Il Cinquecento da Praga a Cremona, katalog výstavy v Museo Civico “Ala Ponzone”, Cremona, Milano: Leonardo d’arte, 1997.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Myšlenkové pozadí ikonografického typu Pantokrator. In Igor Kišš /ed./. Kristus – Pantokrator, Bratislava: Evanjelická bohoslovecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislavě, 2002, s. 61-65.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Das Thema des Jüngsten Gerichts in der tschechischen Tradition. In A. van de Beek, W.M. Laar, /ed./, Sola Gratia. Bron voor de Reformatie en uitdating voor nu. Opstellen aangeboden ann dr. W. Balke bijn zijn afscheid als bijzonder hoogleraar ann Vrije Universiteit te Amsterdam, Zoetermeer: Boekencentrum, 2004, s. 107-117.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Luca Cambiaso a jiní. Addenda a Corrigenda k janovské kresbě cinquecenta z veřejných sbírek České republiky. In Verba Volant, Scripta Manent, Příspěvky z kolokvia o kresbě a grafice Anně Rollové k narozeninám, Praha: Národní galerie v Praze, 2006, s. 45 -48.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Blahoslavenství, Dary Ducha a Ctnosti. K ikonografii obrazu Posledního soudu ve florentském dómu. In Beket Bukovinská a Lubomír Slavíček /ed./. Pictura verba cupit. Sborník příspěvků pro Lubomíra Konečného, Praha: Artefactum, 2006, s. 159 – 168.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Filippino Lippi, s. 36-37, kat. č. 12; Marcantonio Raimondi, s. 40-41, kat. č. 14; Michelangelo Anselmi, s. 76-77, kat. č. 32; Battista Franco, zvaný Il Semolei, s. 78-79, kat. č. 33; Giulio Campi, s. 80-83, kat. č. 34-35; Bernardino Campi, s. 84-85, kat. č. 36; Francesco de’Rossi, zvaný Salviati, s. 86-87, kat. č. 37; Luca Cambiaso, s. 88-89, kat. č. 38; Jan van der Straet, zvaný Stradanus, s. 90-91, kat. č. 39; Federico Zuccari, s. 98-99, kat. č. 43; Giuseppe Arcimboldo, s. 108-109, kat. č. 48. In Alena Volrábová /ed./, 101/1 – Mistrovská díla Sbírky grafiky a kresby Národní galerie v Praze, Praha: Národní galerie v Praze, 2008.
3. původní práce v odborných časopisech
ZLATOHLÁVEK, Martin. Bible. Pramen evropské kultury. Res Musei Pragensis, vol. I, Praha 1991, s. 6-10.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Makabejci. Umění, vol. XXXIX, Praha 1991, s. 155–159.
ZLATOHLÁVEK, Martin. A Late-Fifteenth-Century Italian Drawing in the National Gallery. Bulletin of the National Gallery in Prague, vol. I. Praha 1991, s. 121–123.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Pravda zůstává. Polemika s prof. L. Hejdánkem o interpretaci pojmu Pravda. Křesťanská revue, vol. LIX, Praha 1992, s. 70-72.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Drawings by Taddeo and Federico Zuccari in the National Gallery in Prague. Bulletin of the National Gallery in Prague, vol. III.-IV., Praha 1993-94, s. 53–62.
ZLATOHLÁVEK, Martin. Antonio Maria Viani, seine Schulung und Reife in München. Salzburger Barockberichte, vol. 20-21, 1998, s. 1–12.
ZLATOHLÁVEK, Martin. On the Threshold of the Baroque in Tuscany (Florence, Pisa, Siena) – 1574-1606. Drawings from Czech Public Collections, Umění, vol. LIII, Praha 2005, s. 227-246.
ZLATOHLÁVEK, Martin a PREISS, Pavel, Draughtsman Martino Altomonte (1657/1659-1745) /Martino Altomonte – kreslíř (1657/1659-1745), Bulletin of the National Gallery in Prague, vol. XIV-XV/2004-2005, s. 49-70.
ZLATOHLÁVEK, Martin. K provenienci kreseb ze sbírek arcibiskupství olomouckého v Kroměříži, Umění, vol. LIV, No. 3, 2006, s. 271-277.
4. disertační a rigorózní práce
Téma disertační práce na katedře dějin umění FF UK v Praze: ZLATOHLÁVEK, Martin. Prolegomena ke studiu kresby v Cremoně – 1494-1525.
5. účast na řešení grantů
Spoluřešitel projektu GAČR, reg. č. 408/06/1482. Anton Kern – dílo a život.
6. ostatní publikace (recenze)
ZLATOHLÁVEK, Martin, recenze publikace, RINGGREN, Helmer. Die Religionen des Alten Orients, Berlin 1987, Comunio Viatorum, XXXI, 1988, s. 262-263.
ZLATOHLÁVEK, Martin, recenze publikace, WEHRLE, Josef. Prophetie und Textanalyse, St. Ottilien: EOS 1987, Theologische Literaturzeitung, 114. Jahrgang, Nr. 10, 1989, s. 724-726.
ZLATOHLÁVEK, Martin, recenze výstavy, Vídeňská gotika v Praze, Křesťanská revue LIX, Praha 1992, s. 48-50.
ZLATOHLÁVEK, Martin, Několik poznámek ke katalogu kreseb Antona Kerna z výstavy konané na jaře 1993 v Barockmuseu v Salcburku: Anton Kern (1709-1747). Ölskizzen, Zeichnungen und Druckgraphik, (Katalogbearbeitung: Pavel Preiss), Salzburg 1993, Umění XLII, Praha 1994, s. 179-183.
ZLATOHLÁVEK, Martin, recenze publikací, TOGNER, Milan. Paolo Pagani, Kresby/Drawings, Olomouc 1997; BIANCHI, Federica /ed./. Paolo Pagani (1655-1716), Miláno 1998, Umění XLVII, Praha 1999, s. 541-544.